Bản thân văn bản có vấn đề quan trọng. Mặc dù nó đã tạo cơ sở pháp lý cho việc thực hành đạo Lutheran, nhưng nó không chấp nhận bất kỳ truyền thống cải cách nào khác, như Calvinism, cũng không công nhận ra anabaptism. Mặc dù Hòa ước Tôn giáo Augsburg đã thành công vừa phải trong việc giảm căng thẳng trong đế chế và tăng sự khoan dung, nhưng nó đã để lại những điều quan trọng chưa làm được. Cả Anabaptists và người theo Calvin đều không được bảo vệ dưới hòa ước, rất nhiều nhóm Tin lành sống dưới sự cai trị của một công tước Lutheran vẫn thấy mình có nguy cơ bị kết tội dị giáo. (Điều 17: "Tuy nhiên, tất cả những người không thuộc về hai tôn giáo được nêu tên ở trên sẽ không thuộc vào hòa ước hiện tại mà hoàn toàn bị loại trừ khỏi nó.") Những người thiểu số này đã không đạt được bất kỳ sự công nhận hợp pháp nào cho đến Hòa ước Westphalia vào năm 1648.

Sự không khoan dung đối với người Calvin khiến họ phải thực hiện các biện pháp tuyệt vọng dẫn đến cuộc chiến tranh ba mươi năm. Một trong những biện pháp đáng chú ý hơn là sự phản kháng thứ ba của Prague (1618), trong đó hai đại diện của Vua Công giáo của Bohemia đại công tước Ferdinand (Matthias là hoàng đế cho đến ngày 20 tháng 3 năm 1619) đã bị ném ra khỏi cửa sổ một lâu đài ở Praha.[cần dẫn nguồn]